据报道,Google Brain团队和Verily Life Sciences共同构建DeepVariant,在Google云端平台上部署开源版本的DeepVariant,透过高通量测序的准确性,解决精密医学难题。专注人工智能医疗保健,利用Google的运算能力和机器学习来理解基因组。
由Google Brain与Verily Life Sciences打造,用来提高基因组测序准确性的工具DeepVariant,现在可以透过Google云端平台(Google Cloud Platform;GCP)取得, 为DeepVariant的普及应用目标奠定基础。
据报导,开发团队在Google云端平台上部署开源版本的DeepVariant,并采用可扩展的Pipelines API,优化成本和达到快速周转的目的。 为用户在当前的运算环境中探索和评估DeepVariant的功能,同时提供云端解决方案,满足基因组庞大数据集的需求。
DeepVariant透过高通量测序的准确性,解决精密医学当前面临的最大挑战之一。 开发人员DePristo与Poplin表示,30亿碱基对基因组中只有100个基因,每个碱基的错误率在0.1~10%之间,所有配对的碱基被组织成23对染色体。
为了构建DeepVariant,Google Brain团队首先从GIAB(Genome in a Bottle Consortium)组织的参考基因组开始,创建数千万个编码高通量测序数据的示例。 下一步是培训Google TensorFlow分类模型来区分真正的基因组和实验数据。
2016年DeepVariant在美国食品药品监督管理局(FDA)发起的PrecisionFDA Truth Challenge竞赛中拿到第一名,从那时起Google就将DeepVariant错误率降低50%以上。
微软(Microsoft)与匹兹堡大学医学中心合作发展人工智能(AI)并发布新产品包括HealthVault Insights、Microsoft Genomics、聊天机器人与Project InnerEye之后, 于2017年9月在英国成立专注医疗保健的人工智能实验室。
而IBM Watson自2015年收购Phytel和Explorys以来,一直专注在医疗保健人工智能,并为超级计算机的产品组合添加华生基因体学方案Watson for Genomic和肿瘤解决方案Watson for Oncology。
Google的目标是将技术应用在医疗保线与其他科学应用上,最终让工具与数据提供给更多人使用。 DeepVariant是利用Google的运算能力和机器学习来理解基因组,并为社群提供更深入基于学习的基因组学工具。
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