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不同与 NiosII IDE 从.ptf 文件中获取所有的硬件信息，Software Build Tools 从.SOPC 文件中获取硬件信息。在QuartusII 工程的文件夹中（即.SOPC 所在目录中）新建software 文件夹，在该文件夹下新建两个空文件夹：APP，BSP。在APP 文件夹下粘贴Application Project源文件以及所需头文件。
在 NiosII IDE 中调用flash programmer 将.elf 文件转化为.flash 文件便下载到flash 或EPCS 器件中。在下载.flash 文件之前需要先下载硬件镜像（hardware image），不然下载的软件镜像会被破坏。第二种下载方式是通过Software Build Tools，命令行nios2-configure-sofdir/*.sof 下载硬件镜像，命令行nios2-download –g dir/*.elf 下载软件镜像。
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